女だらけの聖エスタド学園に転入してきた涼邑遼人。
彼は「主人公」として、ヤンデレの桜小路詩音や実の妹の紗々羅など、
「乙女の破片」に苦しむ女の子たちを救っていた。

そんな中、本来「乙女の破片」を持っていなかった紗々羅に、
学園長の萩野翠が植えつけていたことが判明する。
彼女の目的を追求しようとする遼人たちだったが、
翠の一言によって、遼人に好意を抱く女の子たちが、
一斉に遼人に誘惑を仕掛けてくる。

ヤンキー娘の小林樹里、腹黒少女の七海絵里奈、
実妹の紗々羅にクールっ娘の周防藍花が誘惑してくるが、
アルコールが入って大胆になった委員長の宮下智子が
遼人とついに騎乗位で処女を捧げてくるのだった。

ところが、その後、遼人は女の子たちに迫られると、
急に胸が苦しくなり、倒れてしまう。
翌日、目覚めた遼人は、美緒に看病してもらっていた。
智子の大胆な行動に影響された彼女は、
いつものツンデレらしい態度とは違った素直な態度で、
遼人とのエッチを求めてくる。

美緒の素直な想いに応えようとエッチをした遼人だったが、
そこにヤンデレとなり、暴走した詩音が乱入してくる。
暴走状態の詩音は美緒を「闘争」で打ち倒し、
廃墟と化した自身の実家へと遼人を拉致する。

嫉妬に狂った詩音は暴走を加速させ、遼人を逆レイプし、
遼人を助けにきた美緒たちをも返り討ちにする。
さらに、詩音は生み出した魔物に取り込まれてしまう。

翠の登場でその場を逃げ出すことができた遼人たちは、
彼女の口から「乙女の破片」の正体、
そして、翠の本当の目的を知らされる。
全てを知った遼人は、すべての悲劇を終わらせるため、
暴走した彼女を救うため、「主人公」の真の力が目覚めさせる――。